現在のチェコ共和国モラヴィア地方の小さな町イヴァンチッツェに生まれ。ウィーンの舞台装置工房で働きながら、夜間にデッサンを学び、1887年にはパリのアカデミー・ジュリアンで最後の歴史画家と言われたジャン＝ポール・ローランスに学ぶ。1894年の年末に、舞台女優サラ・ベルナールの公演ポスター「ジスモンダ」をデザインしたことで、1895年にサラ・ベルナールと契約を結び、彼女のためのポスターや衣装、ジュエリー、ヘアスタイルから舞台装置まで手掛け、一躍大人気画家となる。1900年、パリ万国博覧会で活躍、アール・ヌーヴォーの旗手としての地位を不動のものにする。

商業的成功を収めたミュシャは、1910年に故国チェコに帰郷。20点から成る連載《スラブ叙事詩》の制作に着手。スメタナの組曲《わが祖国》にインスパイアーされたと言われ、完成に17年を費やした。(1928年プラハでの展覧会で全20点を公開)。この時期、チェコへの愛国心を喚起する多くの作品群やプラハ市庁舎の装飾を手がけ、1918年、チェコスロバキア共和国成立にあたっては、新国家のため無償で紙幣、切手、国章などのデザインを引き受けた。1939年春、ドイツ軍がチェコスロバキアを占領した時、「国民の愛国心を刺激する」として捕えられ激しい尋問を受けます。釈放されるが、7月14日プラハで死去。享年79歳であった。